2002년 겨울, 매일경제 신사옥에 달걀 투척사태가 벌어졌다. 신문에 ‘노조공화국’ 시리즈를 내보내면서 생긴 일이다. 노동계가 강력 반발했다. 그동안 신성불가침의 영역으로 간주되던 노동계에 매일경제가 비판의 메스를 들이댔기 때문이다.권력화된 노조의 비리를 파고들었다. 일부 노조간부들의 비리와 호화로운 생활, 부도덕한 행태 등을 치밀한 취재를 통해 밝혀냈다. 지금은 보통명사가 된 ‘노동귀족’,‘귀족노조’란 용어도 처음으로 만들어냈다. 노동계는 그런 매일경제를 ‘자본의 앞잡이’로 몰아붙였다. 그러나 매일경제는 굴하지 않았다. 잘못된 권력과 양보하거나 타협할 수는 없었다. 매일경제는 한국노총의 내부 문제를 지적해, 한국노총 조합원들에 의해 본사 편집국이 점거당하는 언론사상 초유의 사태를 맞기도 했다. 이 같은 수난은 매일경제가 노조에 대한 악감정에서 비롯된 것이 결코 아니다. 시장경제를 수호하기 위한 신념의 산물이다. 노조가 아니더라도 시장질서를 위협하는 모든 세력에 매경은 비판의 칼을 거두지 않았다. 정부도 그렇고 시민단체도 마찬가지였다. 매일경제는 아울러 노사화합만이 한국 기업의 글로벌 경쟁력을 높일 수 있는 근본 조건이라는 점을 끊임없이 외쳐왔다. 시장은 곧 ‘경제자유’다. 매일경제는 2003년 제9차 국민보고대회를 통해 경제자유의 극대화를 통한 기업환경의 개선을 촉구했다.